Het gemeenschappelijk Orgaan bestaat uit een Bestuurlijk Overleg en de vier portefeuilleoverleggen (PFO's) rondom wonen, economie, mobiliteit en duurzaamheid.

Het college van elke deelnemende gemeente wijst uit zijn midden één lid aan voor het gemeenschappelijk orgaan.  Besluiten van het gemeenschappelijk orgaan (het bestuurlijk overleg) worden genomen bij meerderheid van stemmen.
De vergaderingen van het gemeenschappelijk orgaan zijn openbaar. De deuren worden gesloten wanneer tenminste een vijfde deel van de aanwezige leden daarom verzoekt of de voorzitter het nodig oordeelt. Het gemeenschappelijk orgaan beslist vervolgens of met gesloten deuren zal worden vergaderd.

Het gemeenschappelijk orgaan wordt bijgestaan door een ambtelijk secretaris, aan te wijzen door het college van de gemeente waar het gemeenschappelijk orgaan gevestigd is.

Het voorzitterschap wordt bij toerbeurt vervuld door de burgemeester van de gemeente Arnhem en de burgemeester van de gemeente Nijmegen, telkens voor een periode van vier jaar. De voorzitter heeft geen stemrecht.

De burgemeester van Arnhem is momenteel voorzitter. Namens Nijmegen zit wethouder Esselbrugge in het bestuur.