De organen van de Euregio-Rijn-Waal zijn de Euregioraad en het Dagelijks Bestuur. Zij worden verder ondersteund door een drietal gespecialiseerde commissies, een secretariaat evt. ad hoc werkgroepen. Daarnaast functioneert een Toezichthoudende instantie, dat kenmerkend is voor het Duitse recht inzake zweckverbände (gemeenschappelijke regelingen). Hieronder volgt een beschrijving.
De Euregio-Rijn Waal is een openbaar lichaam.    
Euregioraad
Het hoogste orgaan van de Euregio Rijn-Waal is de Euregioraad, met 136 afgevaardigden van de deelnemende leden. Zij komt minstens tweemaal per jaar bijeen. De Euregioraad telt 136 afgevaardigden, waarvan 3 leden van de Gemeenteraad Nijmegen (gt 100.000 inwoners = 3 leden, zie art. 7 statuten van de Euregio Rijn-Waal) en één lid van het College van B&W (gebaseerd op art. 7, lid 3 De Nederlandse Gemeenten wijzen een lid van het College B&W aan). Daarmee valt de Euregio onder de in de Kadernota Verbonden Partijen op p. 11 genoemde uitzondering, te weten dat Gemeenteraadsleden wel zitting mogen nemen in de Euregioraad.
In de Euregioraad zijn alle lid-organisaties met 2, 3 of 4 leden (afhankelijk van de organisatiegrootte) vertegenwoordigd. Elke vier jaar kiezen zij uit hun midden een voorzitter en een plaatsvervangend voorzitter. De ene zittingsperiode heeft de Euregioraad een Nederlandse voorzitter en de daaropvolgende periode een Duitse voorzitter. Deze wisseling van nationaliteit vindt op dezelfde wijze plaats bij de plaatsvervangend voorzitter. Ieder lid heeft één enkelvoudige stem.

Enkele kengetallen van de verbonden partij uit de begroting 2018:

  • Eigen Vermogen: €1.331.000
  • Vreemd Vermogen: € 2.424.000
  • Aantal medewerkers: 24

De drie leden die namens de Raad van Nijmegen zitting hebben in de Euregioraad zijn in de periode 2018-2022:

  • a
  • b
  • c

Namens het college van B&W neemt Burgemeester Hubert Bruls deel, tevens vice- voorzitter.

Het Dagelijks Bestuur
Het dagelijks bestuur bestaat uit zeven door de Euregioraad gekozen leden, voor een periode van vier jaar. De burgemeester van Nijmegen was tot en met 2018 voorzitter, daarna volgt een periode van 4 jaar met een Duitse voorzitter. Daarnaast zijn er drie gespecialiseerde commissies die subsidieaanvragen beoordelen. Het dagelijks bestuur van de Euregio Rijn-Waal coördineert deze gang van zaken. De projectsubsidies worden verstrekt via het comité van toezicht Interreg. Hierin hebben o.a. zitting het Nederlandse Ministerie van Economische zaken en  Wirtschaftsministerium van NRW. De uitgaven moeten gebeuren conform Europese regelgeving.

Leden van het Dagelijks Bestuur:

  • Hubert Bruls, burgemeester van Nijmegen,  tevens vice-voorzitter

Lid Comité van Toezicht INTERREG Deutschland-Nederland

  • Ulrich Francken, burgemeester van Weeze, tevens voorzitter van de Euregio Rijn-Waal en voorzitter van de regionale stuurgroep INTERREG Deutschland-Nederland
  • Sören Link, burgemeester van Duisburg
  • Thomas Ahls, burgemeester van Alpen en tevens voorzitter van de Commissie voor Financien en Projecten
  • Dr. Stefan Dietzfelbinger, directeur van de Niederrheinische Industrie und Handelskammer zu Duisburg, Wesel und Kleve,     tevens voorzitter van de Commissie voor Economische Aangelegenheden
  • Karel van Soest, burgemeester van Boxmeer, tevens voorzitter van de Commissie voor Grensoverschrijdende Verstandhouding

Commissies
De leden van de commissies Financiën en Projecten, Grensoverschrijdende verstandhouding en Economische aangelegenheden geven advies over de goedkeuring van projecten, de begroting en andere onderwerpen. De drie commissies bestaan uit vertegenwoordigers van lid-organisaties. De voorzitters zijn tevens leden van het Dagelijks Bestuur (zie hier boven). Nijmeegse ambtelijke vertegenwoordiging:

  • Commissie Financiën en Projecten: Hans van Oerle
  • Commissie Economische aangelegenheden: Petra Eimers
  • Commissie voor grensoverschrijdende verstandhouding: Monique Brink

De Euregioraad kiest uit zijn midden de voorzitters en de plaatsvervangende voorzitters van de Cie. voor de duur van 4 jaar. Het Dagelijks bestuur wijst de commissieleden aan op voorstel van de Commissievoorzitter.

Financiële controlecommissie
Gebaseerd op art. 13 Financiën wijst de Euregioraad uit zijn midden een financiële controlecommissie aan. Deze bestaat uit 4 leden waarvan 2 uit Duitse en 2 uit Nederlandse lid-organisaties. Zij is belast met de goedkeuring van de jaarrekening en maakt gebruik van een beëdigd accountant en een controledienst overheidsfinanciën van de Kreis Kleve.

Ad hoc werkgroepen
Bovendien kan de Euregioraad projectgebonden ad hoc werkgroepen instellen, die voorbereidend werk ten behoeve van de Commissie verrichten.

Toezicht
Conform Duits recht functioneert een Toezichthoudende instantie. De overeenkomst trb. 1991 nr. 102 regelt dat deze instantie voor de Euregio Rijn-Waal de Bezirksregierung Düsseldorf, cfm overeenkomst pleegt de toezichthoudende instantie overleg met de bevoegde Nederlandse toezichthoudende instanties voor intergemeentelijke samenwerking (de provincies Gelderland, Limburg en Noord-Brabant).