Binnen de MGR bestaan een aantal formele organen die we hier kort toelichten.

Algemeen Bestuur (AB)
Het Algemeen Bestuur is verantwoordelijk voor de algehele koers van de MGR en stelt bijvoorbeeld de begroting vast. Het Algemeen Bestuur bestaat uit 15 leden, de voorzitter inbegrepen. Dit zijn leden van de Colleges van Burgemeester en Wethouders van de deelnemende zeven gemeenten, zij worden benoemd door de raden in de regio. Nijmegen heeft drie leden afgevaardigd in het dagelijks bestuur: burgemeester Bruls (tevens voorzitter van de MGR) en de wethouders Helmer en Frings.

De leden van het AB hebben het volgende stemrecht:
Deelnemende gemeente - aantal Leden - Aantal stemmen per bestuurslid
Berg en Dal - 2 - 11
Beuningen - 2 - 8
Druten - 2 - 6
Heumen - 2 - 5
Mook en Middelaar - 2- 3
Nijmegen - 3 - 36
Wijchen - 2 - 13
Totaal 15 leden 200 stemmen

Besluiten van het algemeen bestuur kunnen alleen genomen worden indien alle algemeen bestuursleden van minimaal drie gemeenten instemmen met het besluit en voldaan is aan een meerderheid van stemmen.

Dagelijks Bestuur (DB)
Uit het midden van het Algemeen Bestuur wordt het Dagelijks Bestuur gevormd, bestaande uit vijf leden inclusief de voorzitter. Zij vertegenwoordigen in het Dagelijks Bestuur niet de gemeente waar ze burgemeester of wethouder zijn, maar zij nemen plaats in het DB namens het AB. Zij worden dan ook benoemd door en zijn verantwoording schuldig aan het AB. In het DB zitten twee bestuurders, die tevens bestuurder van de gemeente Nijmegen zijn: burgemeester Bruls (voorzitter) en wethouder Helmer (portefeuillehouder Werk).

Bestuurscommissies: Bestuurscommissie Werk
In de MGR is de mogelijkheid opgenomen om bestuurscommissies in te stellen. Dit is een bevoegdheid van het AB. Als het AB voornemens is een bestuurscommissie in te stellen, moeten eerst de raden van de deelnemende gemeenten in de gelegenheid worden gesteld wensen en bedenkingen kenbaar te maken.
Het AB benoemt de leden van de bestuurscommissie, bepaalt welke bevoegdheden de
bestuurscommissie heeft en wat de opdracht is van de leden van de bestuurscommissie.
Op dit moment kent de MGR één bestuurscommissie: de bestuurscommissie Werk. De leden van de bestuurscommissie Werk worden gevormd door de portefeuillehouders Werk van de deelnemende gemeenten. De bestuurscommissie wordt voorgezeten door het lid van het dagelijks bestuur met Werk in de portefeuille (tevens portefeuillehouder Werk). Voor Nijmegen is wethouder Helmer lid van de bestuurscommissie Werk, hij is tevens voorzitter van dit gremium.

Adviescommissies: Agendacommissie
Het algemeen bestuur, het dagelijks bestuur en de voorzitter kunnen commissies van advies instellen.
Hiervoor is het niet nodig om eerst een zienswijze of wensen en bedenkingen op te halen bij de
deelnemende gemeenten. Van deze adviescommissies bepaalt het algemeen bestuur welke
samenstelling zij kent en welke bevoegdheden en faciliteiten zij krijgt.
De enige adviescommissie die we op dit moment kennen is de agendacommissie, die ook formeel is
opgenomen in de MGR. De Agendacommissie bestaat uit raadsleden van de zeven deelnemende
gemeenten en kent dus zeven leden, inclusief de voorzitter.

Ambtelijke ondersteuning
Voor wat betreft hun werkzaamheden in het dagelijks bestuur van de MGR, ontvangen de Nijmeegse
wethouders net als de andere DB-leden ondersteuning in de voorbereiding voor de vergaderingen door de ambtelijke organisatie van de MGR. De ondersteuning van wethouder Helmer in haar lidmaatschap van de bestuurscommissie Werk gebeurt zowel door de ambtelijke organisatie van de MGR (voor wat betreft zijn rol als voorzitter) als door het programma Economie van de gemeente Nijmegen.
De Nijmeegse AB-leden worden als volgt ondersteund: voorafgaand aan de AB overleggen (5x per jaar) worden de stukken, indien beschikbaar, in het Bestuursteam Regionale Samenwerking geagendeerd.
Deelnemers aan dit BT stemmen onderling af over de Nijmeegse standpunten, waar nodig wordt een collegebesluit voorbereid. Een ambtelijke werkgroep MGR zorgt voor de inhoudelijke en financiële afstemming en voorbereiding van de portefeuillehouders.

specifiek IRVN
 Directeur IRVN legt direct verantwoording af aan AB en DB van MGR.

Binnen de Nijmeegse organisatie is afdeling PIF hoofd PIF en de CIO en hoofd Ontwikkeling I&A) verantwoordelijk voor de invulling van de opdrachtgeversrol en zij sturen het strategische overleg aan Nijmegen-IRVN (deel functioneel beheer) en Nijmegen+regiogemeenten naar IRVN (Infradeel). Daarnaast wordt vanaf 2018 het tactisch en operationeel overleg verder vorm gegeven en ingevuld met vaste vertegenwoordiging aan Nijmeegse zijde (tactisch=  hoofd Geo/datainformatie en Hoofd informatiebeheer) en operationeel (diverse medewerkers afhankelijk van thema binnen de I-bureaus van PIF).